Tanto em canais vitais quanto em canais necrosados, o uso de substâncias químicas auxiliares, com poder antimicrobiano, se faz necessário para um adequado preparo dos canais radiculares.

 Uma substância química ideal para o tratamento endodôntico deve ser: bactericida, lubrificante, atóxica, remover smear layer, dissolver tecidos orgânicos, ser inodoro, ter ação reológica, remover smear layer,  ter efeito residual ( substantividade ) e ser facilmente removido do canal. Esta substância ainda não foi encontrada ou criada.

 Das substâncias  utilizadas pelos profissionais do mundo, as mais referidas são o hipoclorito de sódio  e a clorexidina. Tanto uma como outra com algumas variações, na concentração e/ou estado físico.

 O hipoclorito de sódio é a substância química auxiliar mais utilizada, e por mais de oito décadas vem sendo empregada como auxiliar no combate às infecções. A preferência mundial por esta substância,é justificada pela sua capacidade de dissolução tecidual e seu poder antimicrobiano. O hipoclorito de sódio em concentrações mais elevadas tem um maior poder de dissolver tecidos devido às altas concentrações do hidróxido de sódio liberado frente às reações químicas com a água, presente nos canais radiculares (Estrela et al. 2002, Mohammadi 2008), porém é altamente irritante aos tecidos periapicais,  (Gordon et al  1981, Mohammadi 2008), não devendo portanto realizar uma irrigação ativa para  remoção dos debris. Mas sim uma irrigação passiva. Outrossim alguns autores questionam esta efetividade de dissolução tecidual em áreas mais profundas e de espaços diminutos como istmos,  reentrâncias e terço apicais (Arruda et al. 2003, Wu et al. 2006).

 A clorexidina é um detergente catiônico da classe das bisbiguanidas, que pode ser encontrada nas formas de acetato, hidrocloreto e digluconato; sendo este último o sal mais utilizado em fórmulas e produtos. Tem amplo espectro de ação agindo de forma eficaz sobre bactérias gram-, gram+, fungos, leveduras e vírus lipofílicos (Tortora  et al. Apud Zanatta e Rosing 2007). Tem como uma de suas características a carga positiva de que é constituída a sua molécula, que interage de forma plena com a carga negativa da membrana citoplasmática bacteriana (Estrela et al. 2002, Gomes et al. 2003, Bevilacqua et al. 2004, Dameto et al. 2005, Zanatta e Rosing 2007). 

Após utilização da solução de clorexidina, as paredes do tecido ficam impregnados pela droga  o que caracteriza a sua substantividade, promovida pela  natureza dicatiônica, onde uma extremidade da molécula se prende às paredes do tecido e a outra  fica livre para interagir com bactérias (Zanatta  & Rosing 2007). Estes autores afirmam que o mecanismo de ação anti-microbiano da clorexidina é explicado pelo fato de ser uma molécula catiônica ( carga +)  que interage facilmente com  a membrana celular bacteriana ( carga -) que é aniônica, promovendo interações eletrostáticas, provavelmente, por ligações hidrofóbicas ou por pontes de hidrogênio, interferindo nas trocas metabólicas levando a membrana citoplasmática bacteriana ao colapso.

O  gel de clorexidina a 2%, tem uma outra característica de grande valor, que é de desenvolver uma ação reológica. Durante  instrumentação os restos de materiais orgânicos e inorgânicos se acumulam na massa amorfa do gel, mantendo-os em suspensão, que são removidos com a irrigação ativa com soro fisiológico. Evitando portanto que estes debris se acumulem nas paredes dos canais, reduzindo sobremaneira a formação de smear layer.