Um dos fatores que mais interferem dificultando a realização da terapia endodôntica é a anatomia interna dos canais radiculares. Composta por um sistema de canais, canalículos, ramificações, depressões e cul-de-sacs, formando um complexo arranjo com comunicações, composto de canais principais, laterais, secundários, acessórios, intercondutos, colaterais e delta apicais. Incluem aí neste complexo sistema os istmos, que são comunicações entre canais, podendo acontecer nos três terços dos canais radiculares.

A porção mais contaminada, é sempre aquela mais volumosa, ficando entre o terço cervical e mediano. Onde os istmos e reentrâncias são invariavelmente formados por verdadeiras e profundas fendas, dificultando a ação dos instrumentos, como também das substâncias químicas auxiliares da instrumentação durante o preparo dos canais radiculares.

Para o alcance dos objetivos do tratamento endodôntico, deve-se realizar o controle da infecção através da limpeza e desinfecção do sistema de canais radiculares. E para isso se faz necessário a conjugação de instrumentos apropriados para cada anatomia, com as devidas variações de comprimento e forma e substâncias químicas em altas concentrações: NaOCl 2,5% e 5,25% ou clorexidina 2%, alcançando assim a sua maior eficiência: ação química e mecânica, sendo esta última imprescindível.

Evidentemente que ainda é impossível a remoção completa da microbiota porquanto da complexidade anatômica. Contudo, pode-se remover a maior quantidade de substrato possível objetivando interferir no processo de desenvolvimento microbiano, inativando os remanescentes da microbiota por falta de nutrientes.  Dessa forma, pode-se conseguir um tratamento previsível na medida em que, removendo o alimento bacteriano, eliminando espaços vazios e tratando o forame apical obtem-se o controle da infecção. O tratamento endodôntico só é finalizado quando após a obturação dos canais realiza-se o selamento coronário, evitando assim  futuras infiltrações.