Muitas vezes a indicação cirúrgica é motivada por iatrogenias envolvendo a estrutura radicular. Desvios em terços médios não permitem a interferência na causa do processo patológico, ficando portanto o terço apical sem tratamento. Portanto para interferir no processo teria portanto, que ressectar a raiz no nível do desvio. Entretanto, o remanescente dentário ficaria com pouca estrutura. Então, para solucionar o problema, removendo a causa sem perder grande parte da estrutura, é feito uma canalização envolvendo o terço apical até o nível do desvio. Realizado com ultrassom e inserto diamantado, faz-se uma canaleta e preenche com MTA. Ficando a raiz com comprimento satisfatório.
A canalização só deve ser realizada nestas condições ou em casos de fissura radicular limitada, no terço médio de raízes de dentes apoio de pontes fixas, sem receber carga direta.